CRISPR–Cas12-based detection of SARS-CoV-2

Esta investigación se plantea por la conveniencia de desarrollar tests rápidos y sencillos, para la detección de RNA del virus SARS-CoV-2 en muestras clínicas de exudado respiratorio, con propósitos diagnósticos. La actual detección basada en RT-PCR resulta muy específica y permite cuantificar el RNA vírico de las muestras. Pero supone dos horas de reacción, alternando ciclos de elevación y descenso de temperatura para amplificar este RNA vírico, de manera que se necesitan unas cuatro horas desde la extracción del RNA de la muestra clínica hasta la lectura de los resultados.

El nuevo test descrito, que los investigadores denominan DETECTR (DNA Endonuclease-Targeted CRISPR), se basa también en analizar muestras de torunda nasofaríngea, tras su introducción en las vías respiratorias, cuyo contenido se suspende en tampón, para proceder a la detección del RNA vírico presente en los enfermos de COVID-19. En este caso el RNA suspendido en el tampón es amplificado isotérmicamente a 62º, por el procedimiento RT-LAMP (Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification).
Para la detección del DNA vírico complementario resultante se utiliza el procedimiento CRISPR-Cas, basado en un RNA-guía específico acoplado a la nucleasa Cas12. Si se hubiera amplificado RNA de SRAS-CoV-2 la nucleasa Cas12 produce un corte específico liberando un fluoróforo, detectable en el mismo tubo con lámpara de fluorescencia. También es posible detectar este producto de la reacción CRISPR mediante cromatografía lateral en una sencilla tira cromatográfica.

Los investigadores basan la amplificación del RNA vírico a detectar en las secuencias de los genes que codifican la proteína de la envoltura (E) y la nucleoproteína (N) de SARS-CoV-2. El tiempo de reacción del test DETECTR es de 30-40 minutos, con lo que los resultados finales están disponibles en 45 minutos desde el comienzo de la prueba. Aunque el test descrito es meramente cualitativo, por su rapidez puede competir con el habitualmente utilizado hasta ahora, el de PCR.

Artículo original: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0513-4.pdf